Produk

Analisis peristiwa fosforilasi proteom-lebar masih merupakan tantangan analitis utama karena kompleksitas jaringan fosforilasi protein yang sangat besar.Dalam karya ini, kami mengevaluasi komplementaritas Lys-N, Lys-C, dan tripsin sehubungan dengan kemampuannya untuk berkontribusi pada analisis global fosfoproteom.Versi halus dari pertukaran kation kuat pH rendah digunakan untuk secara efisien memisahkan peptida N-terminal asetat, terfosforilasi, dan nonmodifikasi.Sebanyak 5036 fosfopeptida nonredundan dapat diidentifikasi dengan tingkat penemuan palsu <1% dari 1 mg protein menggunakan kombinasi ketiga enzim tersebut.Data kami mengungkapkan bahwa tumpang tindih antara set data fosfopeptida yang dihasilkan dengan protease berbeda adalah marjinal, sedangkan tumpang tindih antara dua set data tryptic yang dihasilkan serupa ditemukan setidaknya 4 kali lebih tinggi.Dengan cara ini, penggunaan paralel Lys-N dan trypsin memungkinkan peningkatan 72% dalam jumlah fosfopeptida yang terdeteksi dibandingkan d dengan tripsin saja, sedangkan percobaan replikasi tripsin hanya menghasilkan peningkatan 25%.Jadi, ketika hanya berfokus pada data tripsin dan Lys-N, kami mengidentifikasi 4671 fosfopeptida nonredundan.Analisis lebih lanjut dari situs yang terdeteksi menunjukkan bahwa kumpulan data Lys-N dan trypsin diperkaya dalam motif fosforilasi yang berbeda secara signifikan, membuktikan lebih lanjut bahwa pendekatan multiprotease sangat berharga dalam analisis fosfoproteom.