Produk

Kami baru-baru ini melaporkan bahwa nukleotida pirena lebih disukai disisipkan berlawanan dengan situs abasic, 3'-T dari dimer timin, dan sebagian besar basa yang tidak rusak oleh ragi DNA polimerase eta (pol eta).Karena pirena adalah molekul nonpolar tanpa kemampuan ikatan-H, efisiensi penyisipan dPMP yang luar biasa tinggi dianggap berasal dari kemampuan penumpukan basa yang unggul, dan menggarisbawahi pentingnya penumpukan basa dalam pemilihan nukleotida oleh pol eta.Untuk menyelidiki peran ikatan-H dan geometri pasangan basa dalam pemilihan nukleotida oleh pol eta, kami menentukan efisiensi penyisipan nukleotida termodifikasi basa 2,6-diaminopurine, 2-aminopurine, 6-chloropurine, dan inosine yang akan buat jumlah ikatan-H yang berbeda dengan cetakan dasar tergantung pada geometri pasangan basa.Pasangan basa Watson-Crick tampaknya memainkan peran penting dalam pemilihan analog nukleotida untuk penyisipan berlawanan C dan T yang dibuktikan dengan penurunan efisiensi penyisipan relatif dengan penurunan jumlah ikatan H Watson-Crick dan peningkatan jumlah interaksi donor-donor dan akseptor-akseptor.Selektivitas penyisipan nukleotida lebih besar berlawanan dengan 5'-T daripada 3'-T dari dimer timin, sesuai dengan penelitian sebelumnya yang menunjukkan bahwa 5'-T dipegang lebih kaku daripada 3'-T.Selanjutnya, penyisipan A berlawanan dengan kedua T dari dimer tampaknya dimediasi oleh pasangan basa Watson-Crick dan bukan oleh pasangan basa Hoogsteen berdasarkan efisiensi penyisipan A dan 7-deaza-A yang hampir identik, yang terakhir tidak memiliki H- kemampuan ikatan di N7.Efisiensi relatif untuk penyisipan nukleotida yang dapat membentuk pasangan basa Watson-Crick sejajar dengan fragmen Klenow, sedangkan fragmen Klenow lebih kuat mendiskriminasi ketidaksesuaian, sesuai dengan selektivitas bentuknya yang lebih besar.Hasil ini menggarisbawahi pentingnya ikatan-H dan geometri pasangan basa Watson-Crick dalam pemilihan nukleotida oleh poleta dan fragmen aliran Klen, dan peran pemilihan bentuk yang lebih kecil dalam penyisipan oleh poleta karena lebih terbuka dan lebih sedikit situs aktif terbatas.